Po zakończeniu kariery zawodniczej rozpoczął pracę szkoleniową jako wieloletni współpracownik Adama Nawałki. Był asystentem trenera w GKS-ie Katowice i Górniku Zabrze, a następnie przez pięć lat pracował w sztabie reprezentacji Polski. W tym czasie biało-czerwoni osiągnęli jeden z największych sukcesów ostatnich lat, docierając do ćwierćfinału mistrzostw Europy UEFA EURO 2016 we Francji.
Jako pierwszy trener zadebiutował w Ekstraklasie, prowadząc Jagiellonię Białystok w sezonie 2020/2021. W kolejnych latach pracował również w KKS-ie Kalisz oraz Watrze Białka Tatrzańska. Później ponownie dołączył do sztabu Wisły Kraków jako asystent Radosława Sobolewskiego, a ostatnio prowadził JKS Jarosław, z którym wywalczył wicemistrzostwo podkarpackiej IV ligi w sezonie 2024/2025.
Władze klubu nie kryją zadowolenia z pozyskania trenera o tak bogatym doświadczeniu. W oficjalnym komunikacie powitały nowego szkoleniowca słowami: „Trenerze, witamy w Żółto-Czerwonej Rodzinie!”.
Przyjście Bogdana Zająca to jeden z najgłośniejszych transferów trenerskich tego lata w małopolskiej piłce. Jego doświadczenie zdobyte zarówno w Ekstraklasie, jak i reprezentacji Polski ma pomóc Kalwariance w realizacji ambitnych celów sportowych w nadchodzącym sezonie.





















