Rok 2025 przyniósł także bogaty program wystawienniczy. W Pałacu Krzysztofory dużym zainteresowaniem cieszyła się wystawa „Miasto zwierząt”, ukazująca Kraków jako przestrzeń współistnienia ludzi i zwierząt. W Muzeum Podgórza zaprezentowano ekspozycję „Osobno, ale razem”, poświęconą 110. rocznicy połączenia Podgórza z Krakowem, natomiast w Fabryce Emalia Oskara Schindlera wystawa „Wojenne dzieci” poruszała temat losów najmłodszych w realiach II wojny światowej. Rekord frekwencji pobiła tradycyjna wystawa szopek krakowskich – do konkursu zakwalifikowano 238 prac, a ekspozycję można oglądać do 1 marca 2026 roku.
Istotnym elementem działalności muzeum była współpraca z organizacjami społecznymi i kulturalnymi. W trzech Salach Spotkań Krakowian odbyło się łącznie 854 wydarzenia inicjowanych przez środowiska zewnętrzne, a w oddziałach muzeum zrealizowano 52 projekty we współpracy z partnerami społecznymi. Muzeum rozwijało także nowe inicjatywy, w tym Krzysztofory – Studio Kultury Krakowa, które stało się przestrzenią dialogu artystów, dziennikarzy i muzealników oraz miejscem realizacji podcastów, koncertów i wydarzeń sieciujących środowisko kultury.
Muzeum Krakowa aktywnie działało także w obszarze naukowym, wydając kolejny numer „Zeszytów Naukowych Krzysztofory”, organizując międzynarodowe konferencje oraz uczestnicząc w wymianach naukowych i projektach europejskich.
Plany na 2026 rok obejmują kolejne wystawy, wydarzenia edukacyjne oraz szeroki program ferii zimowych pod hasłem „Wehikuł czasu”, skierowany do dzieci, młodzieży i rodzin. W kalendarzu znalazły się także wydarzenia związane z niematerialnym dziedzictwem Krakowa, w tym finał Babskiego Combra, który ponownie wyjdzie w przestrzeń miasta.
Miniony rok potwierdził, że Muzeum Krakowa pozostaje instytucją dynamiczną, łączącą troskę o dziedzictwo z otwartością na nowe formy dialogu społecznego i kulturalnego.
