Przy pierwszym przekroczeniu granicy system pobiera dane biometryczne z paszportu, takie jak odciski palców i zdjęcie twarzy, a także zapisuje datę i miejsce przekroczenia granicy. Podczas kolejnych podróży procedura jest znacznie szybsza, ponieważ funkcjonariusze Straży Granicznej dokonują jedynie weryfikacji informacji już posiadanych przez system, bez konieczności ponownego pobierania biometrii. EES zastępuje tradycyjne stemplowanie paszportów, które w najbliższych miesiącach będzie stopniowo wycofywane. Docelowo, od 10 kwietnia 2026 roku, wszystkie zewnętrzne punkty graniczne Unii Europejskiej mają działać wyłącznie w oparciu o ten system. Zmiana ta ma umożliwić skuteczniejsze wykrywanie przypadków przekroczenia dozwolonego okresu pobytu oraz fałszerstw dokumentów, co przełoży się na wyższy poziom bezpieczeństwa i spójności kontroli granicznych w całej Unii.
W krakowskim porcie lotniczym wdrażaniem systemu oraz nadzorem nad bezpieczeństwem odprawy zajmują się funkcjonariusze Karpackiego Oddziału Straży Granicznej, którzy czuwają nad sprawnym przebiegiem całego procesu. Podróżni mogą zapoznać się z dodatkowymi informacjami oraz praktycznymi wskazówkami na portalu informacyjnym EES.
